Obecnie termin wirus odnosi się do wszystkich rodzajów szkodliwego oprogramowania lub też określa wszystkie "szkodliwe zmiany", które powstały w wyniku działania szkodliwego programu w zaatakowanym systemie. Ściśle mówiąc, wirus jest definiowany jako kod programu, który rozmnaża się.

Wyróżnia się wiele sposobów podziału wirusów. Programy te mogą być klasyfikowane według rodzajów obiektów, które infekują. Na przykład, wirusy sektora startowego, wirusy plikowe, makrowirusy.

Wirusy mogą także być klasyfikowane pod względem metody używanej do zaatakowania obiektu. "Wirusy plikowe o działaniu pośrednim" ładują się do pamięci oraz przechwytują pewne funkcje systemowe w celu zainfekowania plików w momencie, kiedy są one otwierane/uruchamiane/zapisywane. Inaczej działają "wirusy plikowe o działaniu bezpośrednim", które nie instalują się w pamięci, lecz infekują plik (lub pliki) w momencie, gdy zainfekowany program jest uruchomiony, po czym pozostają w uśpieniu aż do momentu ponownego uruchomienia zainfekowanego pliku.

Innym kryterium klasyfikacji wirusów są techniki, których używają do zainfekowania pliku. Istnieją wirusy, które dodają kod w końcowej części atakowanego pliku, wirusy, które dodają kod w początkowej sekcji atakowanego pliku oraz wirusy, które całkowicie zastępują atakowany plik swoim własnym kodem. Inaczej działają wirusy towarzyszące (Companion Viruses) oraz wirusy-odsyłacze (Link Viruses) - szkodniki te w ogóle nie dodają swojego kodu do atakowanych plików.

Istnieją także wirusy ukrywające się, które manipulują systemem w celu ukrycia spowodowanych przez nie zmian, oraz wirusy polimorficzne, które szyfrują swój kod, co utrudnia ich analizę i wykrycie.

Oczywiście, można wyróżnić także wirusy, które nie działają: nie potrafią infekować lub rozprzestrzeniać się.