Jest to najbardziej niebezpieczny i rozpowszechniony typ trojana. Trojan backdoor pozwala jego autorowi lub osobie, która go kontroluje, na zdalne zarządzanie komputerami ofiar. W przeciwieństwie do legalnych narzędzi zdalnej administracji, trojany te instalują się, uruchamiają i działają w ukryciu, bez wiedzy czy zgody użytkownika. Po zainstalowaniu trojan backdoor może otrzymać instrukcje, aby wysyłać, otrzymywać, wykonywać i usuwać pliki, zbierać poufne dane z komputera, zapisywać w dzienniku czynności wykonywane na komputerze i przeprowadzać wiele innych czynności.