Terminem tym określa się system plików wykorzystywany przez systemy operacyjne Microsoft MS-DOS, Windows 9x oraz Windows ME. W szczególności, FAT jest indeksem wykorzystywanym przez system operacyjny do określania rozmieszczenia klastrów (grupy sektorów dysku) należących do każdego pliku przechowywanego na dysku. Klastry są podstawowymi jednostkami pamięci logicznej wykorzystywanej przez system operacyjny. FAT jest niezbędny, ponieważ klastry należące do pliku mogą nie być przechowywane obok siebie. Podczas zapisywania pliku na dysku system operacyjny tworzy dla pliku wpis w FAT: zapisywana jest lokalizacja klastra startowego pliku i jego rozmiar. Gdy trzeba później otworzyć plik, system operacyjny może poskładać wszystkie klastry należące do tego pliku i załadować go do pamięci w celu przetworzenia.

Innym systemem plików jest NTFS wykorzystywany przez Windows NT, Windows 2000 i Windows XP, oraz HPPS [High Performance File System] wykorzystywany przez OS/2.